由于我國地域遼闊，栽培香菇的自然條件和栽培條件各不相同，因此在長期的栽培過程中，形成了許多不同的品種和品系。
目前生產上往往按菌蓋大小而劃分為大葉、中葉和小葉等品系，按菌蓋厚薄分為后肉、中肉、薄肉等品系，按出菇期分為春秋出菇、夏秋出菇、冬春出菇等品系。引種時要根據(jù)市場需求、當?shù)貧夂蚝驮耘嗉竟?jié)綜合考慮，確定主栽品種。
(1)中溫型菌株
秋冬春出菇（10～12月、2～5月），菌齡60～70天，出菇溫度一般為9～25℃，適于海拔300～500米地區(qū)栽培。
①l-26：福建省三明真菌研究所選育。朵大，外形美觀，肉肥厚，菌蓋深褐色或棕褐色，少有鱗片和纖毛；朵形圓整，柄細短。出菇中心溫度10～24℃，秋冬菇產量占20%～30%，春季出潮猛，品質好、產量高，是現(xiàn)行速生高產優(yōu)質栽培最為理想的菌株。
②cr-66：福建省三明真菌研究所選育。朵大，圓整美觀，肉質緊實；菌蓋茶褐色至深褐色，菌柄位正，中粗，適應性較強，種性穩(wěn)定。出菇中心溫度9～23℃，菌齡65～70天，秋春出菇量多，產量高。
③cr-62：福建省三明真菌研究所選育。中朵，肉質厚度中等，柄細短；菌蓋黃褐色至茶褐色。適應性較強，出菇中心溫度9～23℃，菌齡65～70天，秋春出菇。
(2)中溫偏低型菌株
秋冬春出菇（10～12月、2～5月），菌齡60天左右。出菇中心溫度8～22℃，適于海拔500～700米地區(qū)栽培。
①l-856：福建省三明真菌研究所選育。中朵，單生或叢生，菌絲濃密，適應性強，菌蓋茶褐色至黃褐色，肉質肥厚，柄正、細短。出菇中心溫度8～22℃。成批長菇，脫袋后邊轉色邊出菇，轉潮快，產量高而穩(wěn)。
②9018(8517)：上海農業(yè)局菌種站定向選育。中葉種，叢生，菇形圓整，柄細短，菌蓋深褐色，鱗片明顯。出菇中心溫度12～18℃，秋冬春出菇，轉潮快，產量高。
③cr-02：福建省三明真菌研究所選育。中朵叢生，菌肉中厚，蓋黃褐色至茶褐色，鱗片明顯。出菇中心溫度8～22℃，菌齡55～60天。一般脫袋就出菇，頭潮菇多為畸形，轉潮快；后期朵小，肉薄，色淡。
④l-9612：大葉種，菌肉肥厚，菌蓋茶褐色至深褐色，菌褶較疏，柄短而細，產量高而穩(wěn)，菌齡60天左右。出菇中心溫度12～22℃，菌絲不夠成熟時過早脫袋，畸形菇較多，秋春季出菇量較多。
⑤9015：中溫偏低型菌株，適于海拔500米以上地區(qū)栽培。大朵種，朵形圓整，肉厚，產量高，菌蓋直徑4～14厘米，菌柄長3.5～5.5厘米，不易開膜。出菇中心溫度8～22℃，接種期的彈性較大，3～8月間均可，9月下旬至翌年5月出菇。菌筒轉色宜稍深稍厚，利用震動拍打法催蕾具有良好效果。
⑥241-4：閩北、浙南菇區(qū)主栽品種。中溫偏低型遲熟菌株，適于海拔500米以上地區(qū)栽培。大朵種，朵形圓整，菌蓋直徑6～10厘米，菌肉厚度1.8～2.2厘米，菌柄短而細，品質優(yōu)，國外稱為“仿生菇”。菌絲生理成熟時間較長，菌齡180～200天，栽培季節(jié)彈性較大，高山區(qū)1～3月接種，是全國第一個大面積推廣應用的遲熟品種，管理容易，產量高。
(3)低溫型菌株
秋冬春出菇（10～12月、2～5月），菌齡60天左右，出菇中心溫度5～18℃。適于海拔500米以上山區(qū)和北方栽培。le-13：山西原平農學院微生物室選育。中朵種，菇形圓整，肉厚，蓋褐色，柄粗短；生活力強，產量穩(wěn)定。出菇中心溫度8℃～18℃，轉潮快，秋冬春出菇。
